Pengene skal hovedsagelig bruges til en tilskudspulje, hvorfra kommunerne kan søge midler til at etablere beskyttelseszoner omkring drikkevandsboringer. Desuden nedsættes et rejsehold af eksperter, der skal rådgive kommunerne i forhold til en bedre beskyttelse af drikkevandet.
Det fremgåe endvidere af aftalen, at den kommende Natur- og Landbrugskommission får til opgave at udrede, hvorvidt det er muligt at stille krav om obligatorisk indførelse af boringsnære beskyttelseszoner. Efter at kommissionen har gennemført udredningen, udarbejdes en model, hvor obligatorisk boringsnære beskyttelseszoner gradvist indfases.